海洋環(huán)境與漁業(yè)資源保護也扎實開展。我省對全省近岸海域、重點港灣、重點增養(yǎng)殖區(qū)等海域進行高頻率、高密度的定點定時監(jiān)測，并及時發(fā)布監(jiān)測信息。2006—2009年間共投入資金4366萬元，累計投放魚、蝦、貝16.35億尾（粒）；開展近岸海域環(huán)境整治和生態(tài)修復(fù)。目前，我省海域海洋環(huán)境質(zhì)量保持良好狀態(tài)，近岸局部海域海洋環(huán)境質(zhì)量惡化的趨勢開始得到遏制。
“十一五”期間我省水產(chǎn)養(yǎng)殖方式趨于多元化、養(yǎng)殖品種多樣化，養(yǎng)殖業(yè)產(chǎn)量和產(chǎn)值逐年遞增，形成“以養(yǎng)為主”格局。2009年，全省養(yǎng)殖產(chǎn)量達(dá)356.93萬噸。海洋捕撈向外海遠(yuǎn)洋拓展，形成了一支具有較強能力的遠(yuǎn)洋漁業(yè)船隊和遠(yuǎn)洋漁業(yè)生產(chǎn)管理體系，遠(yuǎn)洋漁業(yè)已從單一的過洋性遠(yuǎn)洋漁業(yè)向大洋性遠(yuǎn)洋漁業(yè)發(fā)展，并取得良好的生產(chǎn)效益。休閑漁業(yè)悄然興起，推出了“水鄉(xiāng)漁村”為標(biāo)志的品牌，較好實現(xiàn)了漁業(yè)一、二、三產(chǎn)業(yè)的相互結(jié)合。
海洋與漁業(yè)對外開放度不斷提高。我省大力發(fā)展外向型漁業(yè)，取得良好成效。特別是臺商投資更為活躍，目前全省共有臺資水產(chǎn)企業(yè)525家，合同利用臺資8.77億美元。水產(chǎn)品進出口貿(mào)易不斷擴大。2009年，全省水產(chǎn)品出口37.64萬噸，創(chuàng)匯15.42億美元，占全省農(nóng)產(chǎn)品出口創(chuàng)匯額的45.09%。
近幾年，我省還注重自主創(chuàng)新，推進一批重大海洋科技專項研究，不斷增強海洋事業(yè)發(fā)展的活力。建設(shè)“臺灣海峽及毗鄰海域海洋環(huán)境實時立體監(jiān)測系統(tǒng)”，在全國率先建成海上立體實時監(jiān)測網(wǎng)，率先開展13個主要海灣“海灣數(shù)模與環(huán)境研究”，為我省合理圍填海及環(huán)境保護提供科學(xué)依據(jù)和管理手段。全面開展海洋綜合調(diào)查與評價工作，對我省未來幾十年海岸帶和近岸海域的環(huán)境資源承載力進行科學(xué)的評價，摸清我省海洋“家底”。2006年以來，我省有7項成果獲得國家海洋創(chuàng)新成果獎，近20項科研成果獲得省科學(xué)技術(shù)獎?？萍歼M步對漁業(yè)經(jīng)濟增長的貢獻(xiàn)率2009年為58%。
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